2001年の粟生線直通運転化にそなえて車両の改造，廃車，編成替えなど大きな動きがあった。
2000年7月24日に鈴蘭台車庫の塗装線屋外に 1213 が留置されていた。 窓ガラスとドアが一部はずされ，車内でも冷房吹き出し口と網棚などの一部が取り外されていた。
1213 は元々 864 を両運転台撤去および電装解除された車両で，神鉄で現存する営業車では最古グループである。
1213は2000年8月14日の深夜に 1074+1075+1213 の編成で見津車庫に回送された。 窓・客室内外の部品だけでなくクーラーと床下機器（SIV）なども取り外された状態で留置されていたが，2001年2月に解体された
2000年7月に粟生線の5両編成列車が一部4両化された頃から 1376×2 が休車になった。
鈴蘭台車庫で1376の先頭部貫通路の窓のところに「休車」と書かれた札が掲示されていた。
2000年12月31日時点でもまだ休車中であったが，2001年1月17日には休車で留置されていた場所にはいなかった。
1126×3の編成が解かれて中間T車1213が廃車されたが，この編成の先頭車1125が1116×3に組み込まれた。
見かけ上，かつて1100形3連に1050形を連結した編成と同様であるが，
1125の運転台は残ってはいるものの半永久密着連結器に変更・パンタが撤去されるなど事実上4連固定編成になっている。
また，1116は一般の密着自動連結器に交換され，連解機能を撤去。
なお，2扉車のみの固定4連は意外にも神鉄では初めてのこと。
2扉車が三田線に入るのも久しぶりのことである。
編成は，
 |
 |
 |
 |
| +1116- | -1208- | -1125- | -1115+ |
2000年10月15日，鈴蘭台車庫の留置線に， 5000系（2000系の可能性もあり）が分割されて三田・粟生方の2両だけで新開地方は中間連結面を出したまま留置されていた。 また，この車両の三田・粟生方に1074が接近して留置。 5000系2両と連結されていたかどうかは確認できまなかったが，分割された5000系が1074に牽引されたのかもしれない。 残りの新開地方2両（2000系3連の場合は1両）の所在は確認できなかった。
2000年11月18日，今度は1502編成が分割されて1601の新開地方中間連結面を出したまま留置されてた。1501の行方は確認できなかった。
SIVの容量がアップされ，1076と連結して4両編成になっていた1154編成が，2000年11月18日に1076を解放されて1154×3で運用されていた。 1100形の編成替えにより3連が減少しているうえ，別項のように1502×3が運用から外れており，3両編成が不足かつ4両編成が過剰になっているためと思われる。
その後，しばらく3連で運用されていたが，2001年1月1日終夜運転時に谷上駅で下図の4連で留置されているのを確認。 その後も車両の需給状態によって，この4連で運用されたり，1076を解放して3連で運用されている。
 |
 |
 |
 |
| +1154- | -1252- | -1153+ | +1076+ |
|
|
|
|
| +1154- | -1252- | -1153+ |
1100形4連，1350形非貫通4連がすでに登場しているが，新たに1000系の4連が登場した。
|
 |
|
 |
| +1356- | -1355+ | +1362- | -1361* |
電気連結器付密着連結器から一般の密着自動連結器に交換された1355を活用して，先頭車どうしの連結部に貫通路を設けた1350形2+2の4連が組成された。 かわりに非貫通であった +1360-1359*1358-1357+ が編成を解かれた模様。（ +1360-1359* らしき編成が鈴蘭台車庫に留置）
 |
 |
 |
 |
| +1074+ | +1104- | -1202- | -1103+ |
久しぶりに1070形＋1100形3連の4両編成が組成された。
以前は粟生線の連解4連運用でぜんぜん珍しくなかったタイプの編成であるが，連解運用がすべて5連になってからはほとんど見ることがなかった。
ただ，1070形と1100形の連結部が，以前は電気連結器付密着連結器で非貫通だったのが，今回は一般の密着自動連結器で幌も取り付けられて貫通となっている。
なお，この編成は塗り分けが直線となった新塗装車だけで組成された初めての4両編成である。
1100形4連化2編成目が登場。1126×3の編成が解かれて残っていた1126が1120×3の新開地方から2両目に組み込まれていた。
1126の運転台は残ってはいるものの半永久密着連結器に変更・パンタが撤去されるなど事実上4連固定編成になっているほか，
1120は一般の密着自動連結器に交換され，連解機能を撤去されている。ただし，前面貫通路の手すりは残っている。
また，新塗装になっていた1120×3にあわせて1126も塗り替えられ，新塗装でそろった4両固定編成となった。
編成は，
|
 |
|
|
| +1120- | -1126- | -1210- | -1119+ |
この編成で特筆すべきは，車両間転落防止対策の改造が施されたこと。
今回は場所によって2種類あり，試行段階かもしれない。
その後，2種類の車両間転落防止幌を取り付けた状態で営業運転に使用されている。
1000系列で扉部分を含めて直線的な塗分けとなった車両は，この期間は次の車両だけである。
| -1126- | 2000年12月 |
2001年2月14日〜15日に，市場の作業場から1152×3が搬出された。ワンマン化改造のため川重に運ばれた模様。2001年4月3日〜6日に搬入された。
 |
|
|
| *1152- | -1251- | -1151+ |
車両の改造の関係からか，頻繁に編成が行われている。上記以外で見られた編成の例は・・・
|
|
|
| +1074+ | +1360- | -1359* |
|
|
|
|
| +1356- | -1355+ | +1354- | -1353* |