1990年3月10日に山陰本線京都〜園部（嵯峨野線）が電化開業し，普通列車に113系が投入された。
この関連で京阪神地区の113系にも動きがあり，新たに向日町運転所（本ムコ）に113系が配置がされた。
向日町運転所へは，当初，網干電車区と福知山運転所から非冷房車ばかり転入してきたが，
電化して間もなく網干電車区から2000番代が転入し，全車113系の最新タイプに統一された。
この際，非冷房車の多くは廃車されている。
網干電車区では221系が増備により急激に勢力を増し，113系は嵯峨野線用として向日町運転所に転属したほか，初期車の廃車が進められ，急激に数を減らしている。
また，網干電車区・日根野電車区・福知山運転所の113系の一部を交直流化改造して415系とし，金沢運転所に配属されて七尾線電化用に投入された。
宮原電車区ではとくに動きは無かった。
この頃は京阪神周辺では福知山運転所以外に115系の配置はなかった。
東海道・山陽 本線で快速として，7両編成と4両編成を組み合わせて7両・8両・11両編成で運用されていた。
221系の増備にともない向日町運転所に多数転属したほか初期非冷房車の廃車が進められ，113系は急減している。
とくに，嵯峨野線用として4両編成で転出させるためクハが多数必要だったことから，7両編成のうち中間にクハが組み込まれた編成が大幅に減少している。
非冷房車は転出・廃車のほか，冷房改造も行われたため，1991年にはほぼ全車が冷房車となった。
| ←上り方 |  |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 搭載機器 | R | MG Cp | R | MG Cp | Cp | ||
| 番代 | 0/2100 | 0/2000 | 0/2000 | 0/2000 | 0/2000 | 0/2000 | 300/2000 |
| ←上り方 | |
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| 搭載機器 | R | MG Cp | Cp | R | MG Cp | Cp | |
| 番代 | 0/2100 | 0/2000 | 0/2000 | 300/2000 | 0/2000 | 0/2000 | 300/2000 |
| ←上り方 | |
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| 搭載機器 | R | MG Cp | R | MG Cp | Cp | ||
| 番代 | 0/2100 | 0/2000 | 0/2000 | 0/2100 | 0/2000 | 0/2000 | 300/2000 |
| ←上り方 | |
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|---|---|---|---|---|
| 搭載機器 | R | MG Cp | Cp | |
| 番代 | 0/2100 | 0/2000 | 0/2000 | 300/2000 |
搭載機器・・・R:抵抗制御，MG:補助電源，Cp:コンプレッサ
とくに動きはない。
おもに湖西線および草津線で運用されていたが，東海道・山陽の快速にも充当される運用もあった。
基本的に編成単位で管理されていたようで，4両編成の車番末尾は新製時から揃えられたままで推移している。全車新製時から冷房車である。
| ←上り方 | |
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|---|---|---|---|---|---|---|
| 搭載機器 | R | MG Cp | R | MG Cp | Cp | |
| 番代 | 700 | 700 | 700 | 700 | 700 | 750 |
| ←上り方 | |
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|---|---|---|---|---|
| 搭載機器 | R | MG Cp | Cp | |
| 番代 | 700 | 700 | 700 | 750 |
| 2700 | 2700/700 | 2700/700 | 2750 |
初めて113系が配置され，おもに山陰本線京都〜園部（嵯峨野線）で運用されていた。
向日町運転所へは1989年11月から翌1990年3月にかけて，網干電車区から0番代および福知山運転所から800番代が転属してきた。このときは全車非冷房車であった。
しかし，電化して間もない同年6月から8月にかけて網干電車区から2000番代が転属し，全車2000番代に統一された。
この際，非冷房車の多くは廃車されている。
| ←上り方 | |
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|---|---|---|---|---|
| 搭載機器 | R | MG Cp | Cp | |
| 〜1990年8月 | 0 | 0 | 0 | 300 |
| 〜1990年8月 | 800 | 800 | 800 | 800 |
| 1990年6月〜 | 2100 | 2000 | 2000 | 2000 |
1991年9月1日に七尾線を電化するため交直流近郊型電車必要となった。
一方，大阪〜福知山〜城崎では全区間直流電化にもかかわらず交直流型485系が使用されていた。
ここで，福知山・山陰特急用485系から交流機器を撤去して直流電車とし，捻出した交流機器を113系に搭載して交直流電車415系に改造するという，
実に合理的な車両と機器のやり繰りが行われた。
さらに，改造415系を3両編成とするために，福知山運転所の113系2両編成と網干・日根野 両電車区の4両編成を組み合わせて2タイプの3両編成を組成し，
そのうちの1タイプを415系に，残りを113系として福知山線用に使用することとなった。
1990年6月〜1991年7月にかけて485系から交流機器を撤去して183系化，1990年10月〜1991年8月にかけて113系に交流機器を搭載して415系化が行われた。
| 網干 日根野 |
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→→→ |  |
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→415系化 | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 福知山 | |
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→福知山線 |
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